Oxford Nanopore gibt nicht-exklusive Vereinbarung mit Caribou Biosciences über die CRISPR-Cas9-Anreicherung für die Nanoporen-Sequenzierung bekannt
-Die Technologie ermöglicht eine gezielte Sequenzierung für eine schnelle und präzise DNA-Analyse auf tragbaren oder großen Sequenzierern-
Oxford, England (ots/PRNewswire)
Oxford Nanopore und Caribou Biosciences, Inc. haben eine nicht-exklusive Lizenzvereinbarung abgeschlossen, mit der Caribou Oxford Nanopore eine weltweite, nicht-exklusive Lizenz unter dem von Caribou kontrollierten geistigen Eigentum CRISPR-Cas9 für die Nanoporen-Sequenzierung gewährt hat.
"Die Cas9-Technik wird es den Anwendern ermöglichen, die Regionen des Genoms, die sie am meisten interessieren, auszuwählen und zu isolieren. Dazu gehören auch solche, die für bestehende Methoden nicht verfügbar sind und für eine schnelle Analyse mit unserer langlesenden Echtzeit-Sequenzierungstechnologie bereit sind", sagte Dr. Gordon Sanghera, CEO von Oxford Nanopore.
"Der gesamte Bibliotheksaufbereitungsprozess dauert weniger als zwei Stunden, so dass in Kombination mit unserem tragbaren Sequenzer MinION das Potenzial besteht, schnelle, probennahe Tests auf neue Weise zu ermöglichen."
Eine schnelle, flexible und zielgerichtete Vorgehensweise
Die CRISPR-Cas9-vermittelte Anreicherung für die Nanoporen-Sequenzierung ermöglicht eine schnelle, einfache, flexible und gezielte Sequenzierung von langen interessierenden Regionen, ohne dass eine Amplifikation erforderlich ist - bisher wurden Leselängen von über 100Kb beobachtet. Die Technik eröffnet Regionen des Genoms, die bisher nur mit einer langlesenden Ganzgenomsequenzierung zugänglich waren, was die Kosten, die Datenausgabe und die Bearbeitungszeit deutlich reduziert.
Das Verfahren eignet sich zur Charakterisierung von Wiederholungsexpansionen, SNVs und SVs unter Beibehaltung des Methylierungsstatus des nativen Moleküls, über den die neueste Basecalling-Software standardmäßig verfügt. Es kann auch verwendet werden, um viele Ziele gleichzeitig zu sequenzieren, so dass Benutzer ihre eigenen Panels erstellen oder größere Regionen überschauen können.
Viele Teams waren mit dieser Vorgehensweise bereits erfolgreich und Oxford Nanopore plant die Veröffentlichung eines Cas9-Sequenziersets im Laufe des Jahres. Fürs Erste können Forscher auf ein Protokoll und ein Bioinformatik-Tutorial (https://community.nanoporetech.com/knowledge/bioinformatics/evaluation-of-read-mapping/tutorial) zugreifen.
Schnelle Charakterisierung anspruchsvoller Regionen
Timothy Gilpatrick und sein Team demonstrierten (https://nanoporetech.com/resource-centre/target-enrichment-cas9-research-spotlight) die Fähigkeit der Cas9-Anreicherung und der langlesenden Nanoporen-Sequenzierung, krebsbegünstigende Gene ausgiebig zu charakterisieren. Mehrfach hundertfache Anreicherung von Zielstellen ermöglichte die Identifizierung bekannter großer Strukturvarianten, SNPs und differentieller Methylierungsmuster in Genen mit prognostischen Auswirkungen auf Brustkrebs.
Die Cas9-Anreicherung mit der Nanopore-Sequenzierung aus Oxford ermöglicht es Wissenschaftlern, kostengünstige Sequenzierungen von Zielregionen durchzuführen, die bisher nicht zugänglich waren, einschließlich Wiederholungsexpansion, Methylierung, Sequenz mit geringer Komplexität und großen Bereichen struktureller Variation. Die potenziellen Auswirkungen sind beträchtlich, insbesondere in der klinischen Forschung und bei der Validierung von Genomveränderungen.
Kontakt:
Zoe McDougall, media@nanoporetech.com