18.12.2002 – 11:56

EPFL - Ecole Polytechnique Fédérale

Hewlett-Packard choisit l'Arc lémanique comme centre de compétence en bio-informatique et bio-simulation

Lausanne (ots)

Les molécules biologiques sont de très grande
taille. Comment prédire et comprendre la complexité de leur 
comportement, la manière dont elles se constituent et réagissent ? 
Pour mieux répondre à ces questions, l'EPFL s'associe avec le leader 
mondial des ordinateurs de haute puissance et avec l'Institut Suisse 
de Bioinformatique.

Une série d'équations mathématiques peut-elle modéliser les maillons 
de l'ADN et nous aider à mieux comprendre son comportement ? Afin de 
relever de tels défis, les scientifiques de l'EPFL pourront dès ces 
prochains jours s'appuyer sur Janus. Sa rapidité de calcul est 
impressionnante. Janus est capable de réaliser 200 milliards 
d'opérations par seconde. Sa venue au cœur du Service Informatique 
de l'EPFL fait l'objet de toutes les attentions. En effet, cette 
puissance de calcul, générée par la centaine de processeurs de la 
machine correspond à la capacité dont ont besoin les scientifiques 
de l'Institution pour modéliser certains des phénomènes fondamentaux 
qui régissent la vie. Leur objectif est double : d'une part, il 
consiste à développer de nouveaux modèles mathématiques, chimiques 
et physiques qui décrivent les interactions entre les molécules. 
D'autre part, il vise à faire évoluer les techniques de simulation 
de manière à pouvoir prédire, et même contrôler, plus précisément ce 
qui se passe dans la réalité.

Au-delà des prouesses techniques de la machine, cette nouvelle 
initiative se distingue avant tout par la capacité des programmes 
scientifiques à intégrer toutes les compétences, depuis les 
mathématiques fondamentales, jusqu'à la biologie et à la 
pharmacogénomique. A l'EPFL, le professeur John Maddocks, par 
exemple, est l'un des pionniers de la simulation de la structure de 
l'ADN, alors que la professeure Ursula Roetlisberger travaille sur 
des nouvelles techniques pour simuler et comprendre le mécanisme de 
formation des très grandes molécules chimiques et biochimiques. Ces 
approches sont complémentaires aux travaux menés par l'Institut 
Suisse de Bioinformatique (ISB) qui a acquis une réputation mondiale 
dans l'analyse et l'organisation de l'information biologique et de 
la protéomique. Afin d'appuyer la collaboration entre les chercheurs 
en bio-simulation et les bioinformaticiens, l'EPFL met à disposition 
des chercheurs de l'ISB une partie de la puissance de calcul de sa 
nouvelle machine, en attendant la mise en œuvre d'autres projets 
déjà planifiés entre l'ISB, l'EPFL et les Universités de Lausanne et 
de Genève.

" Nous avons choisi d'investir dans ce programme scientifique parce 
qu'il comporte une capacité unique à réunir biologie, mathématiques 
et ingénierie. La région lémanique fait office de pionnier au niveau 
mondial ", explique Lionel Binns, Director of Life science chez 
Hewlett-Packard. Le leader mondial de l'informatique de haute 
puissance a donc décidé d'investir dans ce programme, non seulement 
financièrement, mais aussi en compétences, puisqu'il déléguera des 
ingénieurs de recherche au sein de l'EPFL. " Ce partenariat est un 
exemple du type de collaboration que l'EPFL souhaite établir avec 
les industriels, car il conjugue intérêt académique fondamental et 
transfert de technologie concret ", explique Stefan Catsicas, 
Vice-Président pour la recherche à l'EPFL.

Janus, composé de 25 nœuds (25 modules de 4 processeurs Alpha de la 
dernière génération, reliés entre eux par un réseau ultra-rapide 
Quadrics) se distingue par sa vitesse de calcul, mais aussi par sa 
polyvalence. Son utilisation n'est donc pas restreinte aux sciences 
de la vie. Elle est ouverte à l'ensemble des scientifiques et des 
ingénieurs de l'EPFL. " Les mathématiques et la simulation numérique 
font partie de nos domaines prioritaires. A l'instar de la physique 
des plasmas, la mécanique des fluides ou la physique du solide, la 
biologie stimule l'émergence de technologies inédites que l'on peut 
transférer à d'autres domaines scientifiques ", affirme Stefan 
Catsicas. Une manière de stimuler la recherche au-delà des 
disciplines, stratégie chère à l'EPFL.

Informations complémentaires:

http://www.epfl.ch/pressinfo

Hewlett-Packard :
Dominique Gillot, Life Science Manager Europe : +41 79 217 12 37

EPFL :
Marie-Christine Sawley, adjointe scientifique : + 41 79 379 21 72